日本有可观的人口基数和消费能力，日本人均网购的消费金额高、物流满意度高，退货率全球最低。日本最受欢迎的三个平台:乐天类似于天猫，亚马逊好比京东，雅虎相当于淘宝。相比欧洲和美国市场，日本市场有更规范的法规制度，在通关方面会比较严格，基本上目的港税金实报实销，能做双清包税的货代公司很少。因为没有免征额，无法钻低报的空子。日本 fba是大多数跨境商家的首选，关东地区为日本购物人群相对集中地带，是海外仓选址的重要参考地。日本主要港口如东京、横滨、大阪、神户等大都集中在太平洋的西岸，大阪是关西地区的工商业和水陆空交通中心，距离中国东部沿海的各大港口也只有3~4天的航程，日本fba头程若选择海运那么一周就可完成整个流程，成本也比空运节省一半，而且能绝对保证有足够的舱位。如果是体积小或箱数少的货物，则一般可以用寄快递的形式寄到fba仓库，无须打板，入仓预约由日本代理来安排。
日本没有vat 和kyc，常规进口的80%以上货物是免关税的，交消费税。超过1万日元的货物要缴纳进口关税(3~5%)和8%的消费税，税分为很多个档位，且海关要求申报单价不得低于该商品在网店售价的25%，否则属于严重低报。邮寄包裹的税额起征点是1000日元。在进口代理人清关模式下，卖家在海关必须做店铺商品链接的备案，若通关申报不实，货主可能会面临被扣货及高额罚款;当货物被海关查验时，一旦被认定侵权，货物就会被没收，或商家被追究法律责任并进行经济处罚。普货和fba货件必须要由有进口权的公司的名义清关,若无进口商配合则基本无法完成清关，个别卖家冒险找一些日本当地留学生来做进口代理人，但因为留学生不能做生意，若被查到的话，则留学生可能会被遣返。建议不要发清关敏感物品，一切跟食品、医疗、美容等人体接触的产品，以及刀具等都很难清关。
说明:直接接触人体的物品在日本进口清关时会比较复杂，会产生仓储费，若因无法进口必须销毁时又会产生销毁费用。食品需要提供日本卫生部门的食品卫生检疫证明书;按摩器材需要做医药确认并提供相关的医疗证明资料;玩具必须确认被使用年龄段，否则会按照食品类来清关，而需要提供食品相关清关许可证资料。
日本国土面积小，整个社会对守时很重视，本土物流服务比较稳定和规范，电商物流配送以这三家为主:黑猫yamato、佐川急便sagawa、日本邮政。即使在跨境旺季，日本的包裹派送也能做到准时高效。在亚马逊进入日本市场以后,整个物流业务体量快速增长，致使配送商承载能力超负荷，各物流商的派送价格都在上涨。因人力短缺和成本增加， yamato放弃亚马逊日本的当日达业务，采取涨价30%、为不需要二次配送服务的消费者打折、取消中午的定时配送等措施。