在协议中约定限制婚后的自由是不合法的。我国最新《民法典》规定，我国实行婚姻自由、一夫一妻、男女平等的婚姻制度。所以，协议内容如果约定限制婚后的自由是违反法律强制性规定，是违法的。在协议中约定限制婚后的自由合法吗的法律依据
法律依据：《民法典》第一千零四十一条婚姻家庭受国家保护。实行婚姻自由、一夫一妻、男女平等的婚姻制度。保护妇女、未成年人、老年人、残疾人的合法权益。第一千零四十二条禁止包办、买卖婚姻和其他干涉婚姻自由的行为。禁止借婚姻索取财物。禁止重婚。禁止有配偶者与他人同居。禁止家庭暴力。禁止家庭成员间的虐待和遗弃。