虽然上海空运物流总费用上升，但物流企业的利润却难以乐观，但从空运价格的指数同比下降4.5%；波罗的海干散货综合空运价格指数同比下降45.9%，在运价大幅下降的同时，空运价格连续攀升，人力成本大幅度提高，土地使用税费、储藏库租金在创新高，上海空运物流要素上海空运价格进入持续上行通道。
1至11月，上海空运公司全国重点物流企业主管业务成本同比提升28.4%，极大地压缩了利润空间，在上述背景下，2012年上海空运物流业增速将放缓趋稳，国际空运物流运作方式与资源、能源和土地消耗及生态环境的矛盾日益突出；土地、燃油、人力等各项物流要素普遍短缺，运营成本持续攀升；上海空运物流企业生存和发展环境尚未实现根本性好转都对物流成本造成影响。