物流成本控制是根据计划目标，对成本发生和形成的过程以及影响、成本的各种因素和条件施加主动的影响，以保证实现物流成本计划管理的一种行为。从跨境电商企业的生产经营过程来看，成本控制包括成本的事前控制、成本事中控制和事后控制。成本事前控制是整个成本控制活动中最重要的环节，它直接影响以后各作业流程成本的高低。事前成本控制活动主要有跨境物流配送中心的建设控制，物流设施、设备的配备控制，物流作业过程改进控制等。成本的事中控制是对物流作业过程实际劳动耗费的控制，包括设备耗费的控制、人工耗费的控制、劳动工具耗费和其他费用支出的控制等方面。成本的事后控制是通过定期对过去某一段时间成本控制的总结、反馈来控制成本。通过成本控制，可以及时发现存在的问题，采取纠正措施，保证成本目标的实现。
物流成本控制是跨境电商物流的核心概念之一，如何计算?与国内的电商物流成本控制有什么区别?这些问题关系到跨境电商物流实践的核算和评价。控制是调节系统能达到预期目标的一切手段。所谓跨境电商物流成本控制是采用特定的理论、方法、制度等对跨境电商企业物流各环节发生的费用进行有效的计划和管理。
跨境电商已经成为我国经济发展的新动力。但是，物流成本占总成本的很大比重，与传统行业相比，物流成本控制问题对于跨境电商企业而言更为重要。跨境电商物流成本优化有助于专业外贸服务升级。与跨境电商贸易过程有关的信息流、商流、物流和资金流呈网状从传统的双边方向向多边方向发展。跨境电商物流系统不够完善、信息技术系统不能满足物流的快速发展、物流市场集中度低、物流局部环节成本偏高等，这些都无形中增加了跨境电商物流成本，影响跨境电商作用的发挥，也会影响到消费者的购物体验。因此，探讨跨境电商物流成本优化问题，具有很强的现实意义。