但有些中试冻干机的自动控制是不*的，仅能自动跟踪冻干曲线，其余部分需人工操作。有些中试冻干机的自动控制仅能到冻干结束，冻干结束之后的箱内压塞、冷凝器除霜以及蒸汽消毒不能自动进行，需要人工操作，特别是蒸汽消毒部分，因涉及到许多阀门控制，人工操作比较麻烦，应该选择自动消毒程序的冻干机。有些中试冻干机的自动控制是使用微机，操作、编程方便，显示的语言是冻干语言，还带有荧光屏，打印机和软盘，能同时储存几十个冻程序，每个程序内容可显示，整个程序内容可由打印机打出。而有中试冻干机的自动控制使用的是一种仪表，操作、编程均较麻烦，可储存的冻干程序也较少。
当中试冻干机进入解吸阶段，由于物料内的冰已经升华完毕，因此水蒸气压力明显下降，水气冷凝器由于吸附水蒸气的量少，温度也下降，使系统内的水蒸气压力进一步下降，这样系统的总压力往往低于10pa，显然对物料温度迅速上升到zui高允许温度，缩短干燥时间，在解吸阶段的初期要对冻干压力进行控制，一般在20-30pa左右。记录仪表对中试冻干机来说也是一个很重要的仪器，它能把整个冻干的实际过程真空地记录下来，以便日后存查，记录仪表大都采用多点记录仪，中试冻干机既能打点，又能直接进行文字记录，还有数字显示系统。
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