20世纪80年代后期，为了发展交通运输业，中央把交通运输放在突出位置，在交通设施方面投入了大量资金，并对集装箱多式联运制定了“三主一支持”（即公路主骨架、水运主通道、港站主枢纽和支持保障系统）的长远发展规划。目前发展比较快的是水路内贸集装箱运输。从1996年年底开始，经过10年的时间，已经形成了一个巨大的市场。随着中西部地区经济的发展和铁路跨越式发展，公铁联运将成为我国内贸运输的潜在模式。有关政府部门和研究单位应转移一部分精力来关注这个领域。目前，我国的内贸集装箱联运已有以下几种模式：公路一近海一公路；公路一铁路一公路;公路一近海铁路公路：公路一内河一公路。但我国只有干线运输为水路运输的联运才有相对规范的多式联运组织，公铁联运仍是各运输段相对独立的。
我国在物流发展和多式联运通道运输网络规划、建设及运营管理过程中还存在一些不足。
(1)在物流基础设施的规划上缺乏统一。多式联运主要以集装箱运输为主。但纵观有关部门规划的20个沿海主枢纽港口、23个内河主枢纽港口、45个公路主枢纽城市、12个铁路大型国际集装箱办理站和25个铁路集装箱口岸站的分布，存在港口、公路和铁路规划不能很好配合的情况。这些缺乏有效协调配合的规划可实施性和可操作性差。各种运输方式尚未形成合理的分工，市场范围交叉严重，在同类货源上进行盲
目竞争，不能合理发挥各自的优势。加上各种方式自主经营和收费，缺少全程服务，信息资源不能共享，运输管理水平低，不利于降低运输成本，阻碍了集装箱多式联运的发展。同样的问题还体现在不同地区之间缺乏合作。最突出的就是在同一经济区内的港口、枢纽和物流园过多过密，有些规模过大，重复过剩建设现象严重，造成了大量的资源浪费。
(2)集装箱枢纽及货运站区域分布不合理。规划的集装箱货运站主要分布在东部沿海地区，而且设置过多，出现与社会实际需求脱节和运力过剩的现象。内陆缺少集装箱办理站且规模小，缺少配套设备，不能与集装箱运输系统协调运作，使沿海与内陆城市之间的集装箱运输需求不能得到满足。
(3)集装箱在港口的发展规模效应小，缺乏综合竞争力。尽管集装箱枢纽港口的基本格局已经形成，但一些地方政府、企业受经济利益的驱动，大规模投资兴建集装箱港口码头，造成重复建设。更严重的是使集装箱运量分散，降低设备的利用率，增加作业成本，不能形成规模经营效益。
这些年来，随着我国国际贸易的发展，针对我国对国外贸易运输的迫切需要，我国对某些国家和地区采用国际多式联运方式。目前，我国已开展的国际多式联运路线主要包括我国内地经海运往返日本内地、美国内地、非洲内地、西欧内地、澳洲内地等联运线以及经蒙古或前苏联至伊朗和往返西、北欧各国的西伯利亚大陆桥运输线。其中，西伯利亚大陆桥集装箱运输业务发展较快，目前每年维持在10000标准箱左右。我国办理西伯利亚大陆桥运输主要采用铁一铁、铁一海、铁一卡3种方式。