海关查验的目的，一是通过核对实际进出口货物与报关单证来验证申报环节所申报的内容与查验的单、货是否一致，通过实际的查验发现申报审单环节所不能发现的有无瞒报、伪报和申报不实等走私违规事情或其他进出口问题。二是通过查验可以验证申报审单环节提出的疑点，为征税、统计和后续管理提供可靠的监管依据。
如果你是货主并且是如实申报，所有的单据都是正式的，那么等待报关员陪海关人员检查完毕后，就会顺利放行。你可能遇到的问题是，如果货物检查太多，你可能得排队。如果截关时间太短，货物可能会被推迟到下一个航次，清关后没有时间清关。(在此期间有仓库租金、集装箱租金、船名变更费等)。
亚马逊fba货物运输遇到海关查验怎么处理？
如果你是货代或者报关行的话，首先第一时间通知货主，询问货物是否申报属实等情况，如果属实，正常安排查验等，查验完毕后，会顺利放行的。
但报关过程中有一种大家都非常不愿意遇到的情况，那就是进缉私科，报关行、货代或者工厂长期从事船务工作的人，都很害怕听说自己的货物进缉私科，因为一旦进去后果非常严重对报关行来说，视乎本身和海关的关系以及问题严重性，报关行将要被海关罚款9000-30000元，而报关员则要被扣分，问题严重的还会上海关的黑名单，以后报关过程中一定会被“多加照顾”，所以报关行害怕进缉私科。
对于货代来说，柜子进了缉私科就意味着不能放行，肯定会产生数目不等的仓租、柜租、改船等费用。最快放行也要半个月，一个月不放行也是正常而又正常的事，甚至有可能这个柜子再也不能出口，这样一来损失是惨重的，所以货代也是极为不愿意发生这种情况的。