制药废水的形成主要来源于四种生产类型：抗生素的生产、中成药的生产、合成药物的生产、各类医药剂的洗涤水。废水成分多较为复杂，有机污染物类别繁多，主要包括生产过程中各类的原料和溶剂，伴随着各种化学反应和副产物的形成，废水的浓度较高，毒性较大，形成的颜色较深，生物降解极其困难。例如生产抗生素过程发酵废水、中间体废水即为难降解、有毒性废水，这种废水成分抑制微生物分解作用，同时也增加了处理成本。目前为止，常用的处理制药工业废水的方法有：物化法、生化法、化学法、其他组合工艺。物化法是作为生化处理的预处理;化学法是采用可行性试剂对制药废水进行的化学反应，控制试剂量，避免二次污染，是处理制药废水普遍的方式。
生化技术多用来处理废水中有机物的，一半多采用好氧和厌氧结合，水解酸化和好氧结合的方式进行处理。
1、厌氧处理法：厌氧氧化法一般用来处理浓度较高的有机制废水，单独的厌氧处理后，出水cod含量仍然会很高，因此处理时会以好氧生物处理作为后处理，达到较好的效果。比较典型的技术有上流式厌氧污泥床法(uasb法)，又称作流式厌氧污泥床。结构原理是将反应器底部设置高活性、高浓度的污泥床，污水逆流经过后，会经过厌氧发酵为甲烷(ch4)和二氧化碳(co2)。uasb法结构简单，效率较高，水利停留时间较短，但是技术要求严格，驯化困难。此外，水解酸化法也是厌氧处理方法之一，是经过uasb改进而来，改良后的优点是可将大分子有机污染物分解为小分子污染物，提高可生化反应;反应速度较快，投资小，成本降低，无需封闭，多加搅拌即可。
2、好氧生物处理：好氧生物处理一般需要进行原水稀释作用，代表性的方法有生物流化床法，生物流化床法是将无烟煤和砂等作为生物载体，废水流经砂床。该方法可以有效的加大同废水的接触面积，占地小，反应迅速。此外，好氧生物处理还有其他的方式，普通活性污泥法，吸附生物降解法，生物活性法，生物膜法，循环式活性污泥法等。
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