概述巴塞尔-米卢斯-弗莱堡机场是世界上少数由两个共同运营的机场（法国和瑞士）。机场的地理位置是在法国领土，但是根据1946年瑞士和法国签订的协议，法国与瑞士均允许进入此机场而无需通过任何通关手续。
机场由两个独立的部分组成，分别都有其各自的停车场和货运区。一部分是面向法国区（现在被称为申根区）提供服务，另一部分面向瑞士提供服务。中间有一个海关和移民局检查点在客运楼的三楼。旅客可以通过“边境”去到另一个服务区域。但是随着瑞士加入申根协议，两个区域亦已经合并。
在瑞士区（包括其停车场）有一条专用的通道直接通往巴塞尔，此公路不会与任何法国的公路链接。鉴于其特殊的国际地位，欧洲机场有三个iata机场代号bsl（巴塞尔）、mlh（米卢斯）还有eap。因为代码的问题，而由于该机场有不同的机场代码，往往导致同一个航线但是不同的价钱。例如法国航空的mlh-cdg（巴黎戴高乐机场）可能比bsl-cdg的价钱便宜。而日内瓦国际机场同样可以从法国或者瑞士进入该进场并且分别设有瑞士边境检查站和法国边境检查站，但是没有国际区域。
一些航空公司只在机场的其中一个的区域提供办理登记手续的服务，例如easyjet的乘客只能在瑞士区去办理登机手续，而柏林航空公司的乘客只能够在法国区办理登机手续。而来自法国想搭乘easyjet航班前往西班牙的旅客必须通过边境进入瑞士区，同样的来自瑞士搭乘柏林航空的旅客也要通过边境进入法国区。easyjet的航班会被视为国际航班，但是柏林航空的航班会被视为欧盟境内航班。旅客在国内航班区域（包括欧盟境内航班）是无法从免税商店购买商品的。