医院污水成分特殊，其水质区别于一般生活污水。医院污水中含有一些特殊的污染物，如药物、消毒剂、诊断用剂、洗涤剂以及大量病原性微生物、寄生虫卵及各种病毒如蛔虫卵、肝炎病毒、结核菌和痢疾菌等。如果含病原微生物的医院污水，不经过消毒等无害化处理排放进入城市下水道或环境水体，往往会造成水体、土壤的污染，引发各种疾病或导致介水传染病的流行严重危害人们的身体健康。
医院污水处理必须以消毒为首要任务，通过消毒前的预处理，可以改善污水的理化指标和生物学指标，降低消毒费用，提高出水的处理效果。目前医院污水预处理方法可分为一级处理和二级处理两类工艺流程，具体采取何种工艺还要根据污水性质和排放条件进行正确选择。当医院污水排入具备污水处理厂的城市下水道时，可采用一级处理工艺以节省工程投资及管理费用，当直排水体时应考虑水体用途，按相关的法律法规、标准进行严格的二级处理。另外，医院污水尽量做到分流排放，如污水与雨水分流，居民区与医疗区污水分流、放射性污水与非放射性污水分流，传染病区污水与非传染病区污水分流。分流排放有利于集中处理某类危害性污染物，降低后续水处理污染物负荷，处理效果好。