一般情况下，跨境物流清关过程需要经过两个国家或地区海关部门的审核一一出口国海关与目的地国海关。而对于出口跨境电商而言，清关的难点主要集中在目的地国海关方面，海关部门对出现问题的包裹处理方式无外乎三种：提供相关文件后即可通行、货物退还给发件单位、直接没收。对卖家来说，提供相关文件的后果无外乎延长配送时间，稍微严重的可能会被卖家投诉，勉强还可接受。但退件及没收，无疑会让卖家蒙受目大损失。
造成跨境电商清关障碍的因素主要包括两个方面：其一，卖家对目的地国家的进口政策不够重视，比如，产品缺少国际认证机构提供的相关认证、故意低报商品价值等；其二，目的地国家的贸易壁垒高，以巴西为例，进入巴西的国际包裹几乎都要经过海关部门的严格检验，而且发货方必须提供包括货物价值声明、收件人税号、商业发票在内的多种资料及文件，有时即便是资料齐全也会遭到巴西海关部门的各种刁难。
另外，在一些海关机构信息化建设相对落后的国家，由于缺乏强大的智能处理系统提供支持，包裹通关主要流程需要用人力解决。这导致清关效率极其低下，对消费者的购物体验带来了较为严重的负面影响。