如果劳动者通过申请仲裁来确认劳动关系，用人单位对仲裁裁决不服的，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。劳动争议案件由用人单位所在地或者劳动合同履行地的基层人民法院管辖。劳动合同履行地不明确的，由用人单位所在地的基层人民法院管辖。仲裁确认劳动关系后单位能否起诉的法律依据
法律依据：《劳动争议调解仲裁法》第四十八条劳动者对本法第四十七条规定的仲裁裁决不服的，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。第五十条当事人对本法第四十七条规定以外的其他劳动争议案件的仲裁裁决不服的，可以自收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼；期满不起诉的，裁决书发生法律效力。