微波干燥机应用在食品领域的优势是别的烘干设备所不能及的，由于其干燥的均匀性，快速性，特别是干燥时同时具有的杀菌功效是任何其它干燥设备所不能比拟的。但微波干燥也有其弱点，也有其所力不能及的领域，下面分析一下其不能应用的领域：
1、 物料要干燥的是表面层的附着水，并且物料本身不吸收微波或物料本身太薄，不能积热。这种情况应用风干设备效果明显，应用微波设备显然不如风干设备。
2、 需要干燥的物料温度不能太高的产品。这种情况应用微波干燥设备也是不理想的，比如干燥桂元，比如干燥木薯，比如干燥瓜果。因为这些产品含水量高，很容易积热，但物料本身又不允许温度高（否则会熟化），所以也不能用微波设备。
3、 带有金属的特料，因为金属的特性是反射微波，所以带有金属的物料放到微波干燥设备里面，就算物料能干燥，但其干燥的均匀性也不无法控制的，所以也不适用于微波干燥设备。
4、 附加价值太低的特料，比如常常有人想着利用微波干燥设备来处理生活垃圾，处理污泥等等，虽然这在技术上是可行的，但在成本核算这一块，往往因为这个物料根本没有什么价值，所以其使用微波干燥设备在经济上就没有什么可行意义了。