近年来，伴随着全球经济一体化的不断深入、我国世界制造业中心地位的确立以及现代物流业的迅猛发展，我国加工贸易和保税物流的发展也发生了新的深层次的变化。
2007年，我国海关总署制定出台了《海关保税加工及保税物流改革实施方案》,首次对保税物流的概念做了阐述。保税物流就是指经营者经海关批准，将货物在税收保全(无税)的状态下，从供应地到需求地实施的空间位移的过程。
“在税收保全的状态下”特指企业在海关监管区域内从事仓储、配送、运输、流通加工、装卸搬运、物流信息、方案设计等相关业务，可以享受海关实行的“境内关外”制度以及其他税收、外汇、通关方面的特殊政策。保税货物在海关监管区内的活动在一国境内，但海关监管区具有“境内关外”的性质；并且从供应链角度上看，保税物流包括了保税货物在保税加工、生产链条以外的所有的空间位移过程，因此保税物流属于国际物流的范畴。
(二)保税物流的功能和作用
1.保税物流功能
1)保税仓储
国内或国外的货物运至海关监管区，以保税形式储存起来，即货物在进入保税区或保税仓库以及存储期间可以免交关税。这样可为企业节约大量税金，增加资金流动性。
2)简单加工
货物可以在保税区及保税仓库内进行简单加工，即可以进行包装、分拣、贴唛、贴标签，换唛、分拆、拼装等流通性加工。
3)转口贸易
充分利用保税区内免领进出口许可证、免征关税和进口环节增值税等优惠政策，利用国内外市场间的地区差、时间差、价格差、汇率差等，在保税仓内实现货物的国际转运。
4)出口拼箱
将大陆各地和国外供应商采购的原材料、半成品、成品等汇集至保税仓存储，再按销售合同组合成不同的货柜运至世界各地。
5)进口分拨
从世界各地进口的货物(包括国内转至保税仓的货物)可以暂存在保税仓，进行分拣、简单加工、拆拼箱后，根据国内采购商的需求进行批量送货，以减轻收货人的进口税压力及仓储负担。
6)展示服务
国外大宗商品如设备及原材料等可存放在保税区仓库，并可常年展示。展示结束后可以直接运回原地，避免高昂的关税和烦琐的报关手续。
7)检测维修服务
发往国外的货物因品质或包装退运须返回工厂检测或维修的，可利用保税区功能直接将货物退至保税仓库，简化报关程序，待维修完毕后直接复出口。
2.保税物流的作用
1)促进区域经济发展
保税物流促进了区域经济的整合和辐射，带动了港口腹地经济的发展。海关特殊监管区域是保税物流的重要节点，带动了所在地区经济的发展，起到了经济的龙头和示范作用。我国非常典型的例子就是保税物流促进了珠三角和长三角两个外向型经济带的诞生，进而也加强了与内地经济的联动。
2)推进区域经济外向型
我国的外向型经济主要以加工贸易推动为主，并且近年来，加工贸易进出口货值占整个外贸进出口总值的比例在不断上升，保税物流支撑起的加工贸易对区域外向型经济发展起到了巨大的推动作用。
3)促进产业结构转型升级
由保税物流发展起来的保税加工使我国成为全球制造业的重要生产基地。我国的研发中心、采购中心等通过保税物流的相关政策，把国外的先进技术、资金都吸引进来，促使了我国产业、服务业从结构上完成了优化升级。保税物流为我国产业结构优化和产品更新换代创造了有利条件，发展保税物流是加快我国产业结构调整和加工贸易转型升级的重要支柱。