1.战略合作模式要求双方高层管理者在企业竞争优势的取得、质量保证与生产效率提高等方面的理念趋于一致，建立相互信任、高度相容的文化氛围，这是建立和维系战略伙伴关系的重要前提。但在实际工作中，由于采购方与供应商是两个拥有独立经营管理理念和意志、根本利益有冲突的平行主体，其追求各自利益的思维方式常常导致分歧和冲突。
2.随着采购方与供应商之间合作的不断加强，彼此的关系将会变得越来越复杂。战略合作模式必须建立在相互信任的基础上，但利益和业务冲突会不断威胁信任的基础。彼此之间的市场交叉应降到最低程度以避免同业竞争，同时战略合作应给双方带来互补性的优势，但这种互补优势会随时间推移和业务合作以及市场新进入者带来的新优势而减弱。采购方需要认真论证与供应商建立战略伙伴关系的价值，评估获取这些价值的可能性和要付出的成本。某些战略伙伴为了扩大其作用范围，可能会越过采购方直接争夺最终客户，对战略合作关系也会构成威胁。
3.技术的复杂程度和技术的不断进步以及企业对知识产权的保护程度，都会影响到战略合作供应商早期参与的层次和深度。供应商的技术能力、管理能力和沟通合作能力，也直接影响其参与用户需求设计和产品开发的可能性。
4.战略合作给采购方带来巨大竞争利益的同时，也给企业带来了战略供应商垄断风险、供应商转换风险等。如何规避和管控这些经营风险，对采购方来说是一个很大的挑战。