1、渗透性和非渗透性
渗透性保护剂分子量小可渗透到细胞内，如甘油、乙二醇等，非渗透性保护剂不能渗透到细胞内，多为大分子物质，如聚乙烯吡咯烷酮、蔗糖、葡聚糖等。
2、是否含血清
细胞冻存液含血清是从细胞生长环境角度考虑对细胞进行保护，但含血清(属动物源成分)势必需要考虑细胞污染、批间稳定性等因素，另外随着细胞治疗研究逐渐成为热点，研究及生产过程的可预知、可控制要求，胎牛血清的使用液受到限制。
3、是否需要程序降温
是否需要程序降温是细胞冻存中需要考虑的另一个因素。常规细胞冻存液采用培养基+血清+dmso配置，一般需要采用程序降温冻存细胞(先将冷冻管置于4℃冰箱10分钟，然后移至-20℃冰箱30分钟，再移至-80℃冰箱保存16-18个小时(或隔夜)，最后才移至液氮罐中进行长期的储存)。
细胞冻存液的选择：
1、细胞在冻存和溶解过程中的损伤减低到最小，细胞存活率高。
2、冻存细胞复温后，其的细胞生物学特性无明显影响。
3、细胞复温后，低温保护剂容易去除，成分清楚，对细胞、人体无毒副作用。
4、冻存保护剂可快速起效，减少操作步骤。