（1）货主企业自己从事物流系统设计以及库存管理、物流信息管理等管理性工作，而将货物运输、仓储等具体的物流作业活动委托给外部的物流经营人。在这种情况下，货主企业与第三方物流经营人签订的就是单纯的货物运输合同或仓储合同，或者是运输合同与仓储合同等的混合体。
(2)第三方物流经营人将其开发设计的物流系统提供给货主企业并承担物流作业活动。但库存管理、物流信息管理等管理性工作仍由货主企业自行承担。在这种情况下，第三方物流经营人与货主企业之间的法律关系可以分为两个阶段：第一阶段是由第三方物流经营人为货主企业开发设计物流系统，双方是一种技术合同或技术开发合同法律关系；第二阶段是由第三方物流经营人为货主提供具体的物流作业服务，双方之间此时的法律关系与上述第一种情况没有什么区别，即双方之间签订的合同要么是单纯的货物运输合同或仓储合同等，要么是运输合同与仓储合同等的混合体。
(3)第三方物流经营人站在货主企业的角度，代替其从事物流系统的设计，并对系统运营承担责任。但第三方物流经营人并不一定实际承担具体的物流作业，其可以自行承担具体的物流作业，也可以将这些具体的物流作业外包给其他物流企业。在这种情况下，第三方物流经营人与货主企业签订的是一种具有特殊性质的新型合同，在该合同中，第三方物流经营人不仅应就货物在具体的物流作业活动中发生的灭失、损坏等对货主企业承担责任，还应对因整个物流系统的运行不当等其他物流系统管理原因造成的货主企业的损失承担责任。