员工休完本年休假后辞职的，公司是不能扣回员工的年假工资的。因为年假属于员工的一种福利待遇，公司并不能因为员工辞职而收回年假待遇。
年假休完辞职要扣回吗的法律依据
《职工带薪年休假实施办法》第二条
机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。
《职工带薪年休假实施办法》第三条
职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天；已满10年不满20年的，年休假10天；已满20年的，年休假15天。