1．样品池的清洗：先打开盖子，然后用95%乙醇或10%清洗液浸泡样品池5min，然后清洗被污染的孔；用微量移液器吸取液体，用棉签吸干剩余液体；打开pcr仪，设定保持温度为50℃的pcr程序并使之运行，让残余液体挥发去除。一般5～10min即可。
2．热盖的清洗：对于荧光定量pcr仪，当有荧光污染出现，而且这一污染并非来自样品池时，或当有污染或残迹物影响到热盖的松紧时，需要用压缩空气或纯水清洗垫盖底面，确保样品池的孔干净，无污物阻挡光路。
3．仪器外表面的清洗：清洗仪器的外表面可以除去灰尘和油脂，但达不到消毒的效果。选择没有腐蚀性的清洗剂对pcr仪的外表面进行清洗。
4．更换保险丝：先将pcr仪关机，拔去插头，打开电源插口旁边的保险盒，换上备用的保险丝，观察是否恢复正常。
在pcr仪的保养维护中，需要注意的问题：
1)pcr仪器需要定期检测，视制冷方式而定一般半年至少一次。
2)pcr反应的要求温度与实际分布的反应温度是不一致的，当检测发现各孔平均温度差偏离设置温度大于1～2℃时，可以运用温度修正法纠正pcr实际反应温度差。