2008年12月5日，昆明长水国际机场正式开工建设。2009年12月01日，航站楼组合体混凝土结构工程完成。2011年5月1日，国家民航总局正式批复定名昆明新机场为昆明长水国际机场。2012年6月28日，昆明机场由昆明巫家坝国际机场整体搬迁至长水国际机场运营。
2016年6月综合信息显示，机场共有两条跑道，东跑道长4500米，西跑道长4000米；机位数量（含组合机位）161个；可保障旅客吞吐量3800万人次、货邮吞吐量95万吨、飞机起降30.3万架的运行需要。
2018年5月，昆明长水国际机场微信手机值机功能正式上线。