进行了某种处理而改变了其微生物正常补充的食品特别容易受环境微生物侵蚀。例如，酸牛奶、乳酪和其他奶制品，果汁、加味牛奶和主菜。蘑菇的生长有时也在洁净室里进行以防止条件性病原孢子生长过度。
果汁
无菌产品已经占领了单包装（250毫升）果汁和饮料市场。这个市场正扩展到其它的产品生产线，包括牛奶饮料、酒、水以及西红柿产品和一公升大包装。
奶制品
瑞士的酸牛奶、无菌牛奶或奶酪的加工，以及瑞典的腊肠包装中经常用到无菌处理。
一些大型设施要求100,000级（iso8和9级）以上。在美国，jerome乳酪公司在爱达荷州杰罗姆建造了一个3,600万美元，面积140,000 平方英尺的乳酪和乳清产品厂。该厂有4个主要加热和通风系统可输送高达每分钟130,000立方英尺的过滤效率为95％的空气，每小时换气15到20次。车间采用正压，空气从加工区向外流。
公共和商业厨房
在需要准备许多食物的地方利用洁净室技术是有好处的。在法国amiens，sulzer公司为中心厨房设计了洁净室，那里每天要给在校学生、老年人及城市雇员准备12,000顿饭。sulzer装备了iso 5级（100级）洁净室，以及必要的加热和冷藏设施。刘宇航