(一）协作式多式联运的运输组织方法
协作式多式联运的组织都是在各种部门协调卞，由参加多式联运的各运输企业和中转港共同组成的联运办公室（或其他名称）货物全程运输计划由该机构制订，这种联运组织下的货物运输过程如上图所示。
在这种机制下，需要使用多式联运形式运输整批货物的发货人需要根据运输货物的实际需要，向联运办公室提出托运申请按月申报整批货物要车、要船计划，联运办公室根据多式联运线路及各运输企业的实际情况制订该托运人托运货物的运输计划，并把该计划批复给托运人及转发给各运输企业和中转港站。发货人根据计划安排向多式联运第一程的运输企业提出托运申请并填写联运货物托运委托书。第一程运输企业接受货物后经双方签字，联运合同即告成立。第一程运输企业组织并完成自己承担区段的货物运输至与后段衔接地，直接将货物交给中转港站，经换装由后一程运输企业继续运输，直到最终目的地由最后一程运输企业向收货人直接交付。在前后运输企业之间和港站与运输企业交接货物时，需填写货物运输交接单和中转交接单。联运办公室负责按全程费率向托运人收取运费，然后按各企业之间商定的比例向各运输企业及港站分配。
在这种组织体制下，全程运输组织是建立在统一计划、统一技术作业标准、统一运行图和统一考核标准基础上的，而且在接受货物运输、中转换装、货物交付等业务中使用的技术装备、衔接条件等也需要在统一协调下同步建设或协议解决，并配套运行以保证全程运输的协同性。
对于这种多式联运的组织体制，在有的资料中称为“货主直接托运制”。这是国内过去和当前多式联运（特别是大宗、重要物资运输）主要采用的体制。
(二）衔接式多式联运的组织方法
衔接式多式联运的全程运输组织业务是由多式联运经营人（多式联运企业multimodaltransportoperater，mto)完成的，这种联运组织下的货物运输过程可用下图来说明：
在这种组织体制下，需要使用多式联运形式运输成批或零星货物的发货人首先向多式联运经营人（mto)提出托运申请，多式联运经营人根据自己的条件考虑是否接受。如接受，双方订立货物运输的多式联运合同，并在合同指定的地点（可以是发货人的工厂或仓库，也可是指定的货运站中转站、堆场或仓库）双方办理货物的交接，联运经营人签发多式联运单据。接受托运后，多式联运经营人首先要选择货物的运输路线、划分运输区段（确定中转、换装地点)、选择各区段的实际承运人，确定零星货物集运方案，制订货物全程运输计划并把计划转发给中转衔接地点的分支机构或委托的代理人。然后根据计划与第一程、第二程……的实际承运人分别订立各区段的衔接，由多式联运经营人（或其代表或其代理人）采用从前程实际承运人手中接受货物再向后程承运人发运方式完成，在最终目的地从最后一程实际承运人手中接受货物后再向收货人交付货物。
在与发货人订立运输合同后，多式联运经营人根据双方协议（协议内容除货物全程运输及衔接外），还常包括其他与货物运输有关的服务业务，按全程单一费率收取全程运费和各类服务费、保险费（需经营人代办的）等费用。多式联运经营人在与各区段实际承运人订立各分运合同时，需向各实际承运人支付运费及其他必要的费用；在各衔接地点委托代理人完成服务业务时，也需向代理人支付委托代理费用。
在这种多式联运组织体制下，承担各区段货物运输的运输企业的业务与传统分段运输形式下完全相同，这与协作式体制下还要承担运输衔接工作是有很大区别的。
这种联运组织体制，.在有些资料中称为“运输承包发运制”。目前在国际货物多式联运中主要采用这种组织体制，在国内多式联运中采用这种体制的也越来越多。随着我国经济体制的改革，这种组织体制将成为国内多式联运的主要组织体制。