实验鼠笼在材质上和普通鼠笼有区别，实验鼠笼外壳一般采用pu/psu/ppsu/pei/pes等,可选择的可能性更大，这些材质通常无毒、耐啃咬、耐酸碱腐蚀、耐高温高压，即使在比较恶劣的环境也能保证笼内大小鼠的安全。笼盒可采取多种灭菌方式，笼盒可清洗长期反复使用，寿命长。实验鼠笼整个外观设计也比普通鼠笼更加适合大小鼠生存，笼盒顶盖带不锈钢生命窗，外置生命窗，进排气及搭扣等附件，且带滤膜，滤膜是内置于笼盒，目的是过滤毛发、木屑。空气等，笼盒通常搭配通风主机使用，使笼盒内空气循环增加氧浓度，为大小鼠生存创造一个良好环境。
普通鼠笼的外壳材质一般是比较单一的塑料——pe（聚乙烯）,pp（聚丙烯）,pvc（聚氯乙烯）等，既不耐高温也不耐高压，笼盖一般也为塑料。笼盒内不带过滤膜，不能饲养多只小鼠，否则容易导致空气不流通致小鼠窒息死亡。
实验鼠笼和普通鼠笼相比较，虽然外观上看没有特别大的区别，但整体材质其实有较大差异，在细节上普通鼠笼更是不能比，这也导致实验鼠笼动辄上百上千，普通鼠笼可能就几十元。