由于mbr是作为活性污泥法的一个组件，在运行中会受到活性污泥中的胶体、絮凝体、微生物的生物黏附污染，在mbr工艺中会有两种清洁过程：物理清洁和化学清洁。使用空气进行清洗的是物理清洁，但是要对mbr表面的微生物黏附的污染，就需要进行化学清洗。化学清洗通过在mbr模组池内投加化学药剂，通常为次氯酸钠、柠檬酸等，消杀mbr膜表面的微生物黏附，以消除因为微生物结垢导致的跨膜压差变大影响。化学清洗可以根据生物膜的生长程度进行在线清洗和离线浸泡清洗两种方式进行。在一些大型的mbr工厂中，要考虑在运行中，离线清洗对整个工艺流程和处理水量的影响，要做好充足的计算和准备。
这就是mbr的生产运行的基本的原理，当然在实际的使用中还有更为复杂和精细的设备来保证mbr反应器的稳定运行，对于mbr膜的日常运行中，还需要了解一些关键的参数：
１）膜通量：
膜通量是指物料（在mbr工艺中特指处理后的出水，）在单位时间通过单位膜面积的量，一般用j来表示，单位为m3/（m2·s），或者简化成m/s，有时也称为渗透速率或过滤速率。在实际的生产中，对厂内的mbr的膜通量进行观测和记录，是对mbr过滤效果的一个衡量，并以此来确定mbr膜出水量的大小，确定mbr是否需要进行清洗工序等。随着温度的降低到低于２０℃以后，膜通量也会随之下降，反之则增加。在日常管理中的，特别是北方四季明显的地区，要考虑温度对mbr膜的膜通量的影响作用，在冬季期间采取合理的工艺管理措施。
（2）跨膜压差
在mbr膜过滤过程中，需要施加一个外力来使物料通过mbr膜，这个外界施加的驱动力是为了消除mbr内外的压力差，因此把它称为跨膜压差，用tmp来表示，单位是pa。跨膜压差在实际运行中也反映了mbr膜的污堵程度，在运行跨膜压差越大，说明mbr膜表面堆积的活性污泥也就越多，需要进行膜冲洗的工序。
这两个参数在mbr膜工艺运行中，是对膜的过滤能力的描述，在运行中，要注意收集这两个参数在日常运行中的变化，通过膜过滤能力的日常观测，建立在活性污泥的不同运行工况下膜过滤能力的变化，从而预判膜清洗成本，实现mbr膜的精细化管理。