应纳税所得额应该这样计算：居民个人综合所得的应纳税所得额是其每年的收入总额减除费用六万元以及各项法定扣除后的金额;而经营所得的应纳税所得额是每年的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额等。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第六条
(一)居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
(二)非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额;劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额。
(三)经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。
(四)财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元;四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额。
二、应纳税额和应纳税所得额的区别
应纳税额和应纳税所得额的区别是，应纳税额是计算应按税所得额乘以纳税比例后的结果，是纳税人应向税务机关缴纳的税款的数额；而应纳税所得额是，扣除不应缴纳的支出以外，应当用来计算应纳税额的余额。
三、什么是应纳税所得额
应纳税所得额，根据我国相关法指的是企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额。例如，销售货物收入、接受捐赠收入、利息收入等。