1、相对分子质量很低的样品采用气相色谱。
2、液液分配色谱、液固吸附色谱和离子交换色谱适合分析相对分子质量为 200～2000 的样品。
3、相对分子质量大于 2000 的样品，采用凝胶色谱为优。
二、根据溶解度选择：
1、溶于水并能离解的样品，采用离子交换色谱。
2、溶于烃类（如苯或异辛烷等）的样品，可采用液固吸附色谱。
3、溶于 ccl4 的样品，多采用液液分配色谱和液固吸附色谱。
4、既溶于水又溶于异丙醇的样品，常用水和异丙醇的混合液作液液分配色谱的流动相，以疏水性化合物作固定相。
三、根据分子结构选择：
1、酸、碱化合物采用离子交换色谱。
2、脂肪族和芳香族采用液液分配色谱、液固吸附色谱。
3、异构体采用液固吸附色谱。
4、同系物不同官能团和强氢键化合物采用液液分配色谱。