现在一般都用反相柱，正相在样品对水敏感等特殊情况下才使用。正相的固定性是极性的，流动相是非极性的，适于分离强极性物质。反相的固定性是非极性的，流动相是极性的，适于分离弱极性物质。
二者本质上是填料(固定相)的不同,正相色谱柱填料极性强,洗脱顺序由弱到强；反相柱填料极性弱，洗脱顺序由强到弱。
1.正相柱正相色谱用的固定相通常为硅胶（silica）以及其他具有极性官能团胺基团，如（nh2，aps）和氰基团（cn，cps）的键合相填料。
由于硅胶表面的硅羟基（sioh）或其他极性基团极性较强，因此，分离的次序是依据样品中各组分的极性大小，即极性较弱的组份先被冲洗出色谱柱。正相色谱使用的流动相极性相对比固定相低，如正已烷（hexane），二氯甲烷（methylene chloride）等。
2.反相柱反向色谱用的填料常是以硅胶为基质，表面键合有极性相对较弱官能团的键合相。反向色谱所使用的流动相极性较强，通常为水、缓冲液与甲醇、乙腈等的混合物。样品流出色谱柱的顺序是极性较强的组分先被冲洗出，而极性弱的组分会在色谱柱上有更强的保留。
常用的反向填料有：c18（ods）、c8（mos）、c4（butyl）、c6h5（phenyl）等。色谱的正反相是根据固定相和流动相的相对极性比较而区分的。
正相色谱用的固定相通常为硅胶，以及其他具有极性官能团，如胺基团和氰基团的键合相填料。由于硅胶表面的硅羟基或其他团的极性较强，因此，分离的次序是依据样品中的各组份的极性大小，即极性强弱的组份先被冲洗出色谱柱。正相色谱使用的流动相极性相对比固定相低，如：正乙烷、二氯甲烷等。反相色谱填料常是以硅胶为基础，表面键合有极性相对较弱的官能团的键合相。反相色谱所使用的流动相极性较强，通常为水，缓冲液与甲醇，已腈等混合物。样品流出色谱柱的顺序是极性较强组合先被冲出，而极性弱的组份会在色谱柱上有更强的保留。常用的反相填料有c18、c8、c4、c6h5等。