岛津气相色谱当样品进入色谱柱头以后，流动相把样品带入色谱柱内，刚进入柱子时，组分a和b以混合谱带出现。
由于各组分在固定相中的溶解-解析、或吸附-脱附、或其他亲和作用力的差异，各组分在色谱柱中的滞留时间也就不同，即它们在柱中的运行速度不同。随着流动相的不断流过，组分在柱中两相间经过了反复多次的分配和平衡过程，当运行一定的柱长以后，样品中各组分得到了分离。当组分a离开色谱柱出口流过检测器时，记录设备就记录出组分a的色谱峰；继之当组分b离开色谱柱流过检测器时，记录设备就记录出组分b的色谱峰。
由于岛津气相色谱柱中存在着涡流扩散、分子扩散（纵向扩散）、传质阻力以及其他因素的作用，使得所记录的色谱峰并不是以一条矩形的谱带出现，而是一条接近高斯分布曲线的色谱峰。
岛津气相色谱在石油化工、医药卫生、环境监测、生物化学等领域都得到了广泛的应用
1．在卫生检验中的应用
空气、水中污染物如挥发性有机物、多环芳烃[苯、甲苯、苯并（a）比等]；农作物中残留有机氯、有机磷农药等；食品添加剂苯甲酸等；体液和组织等生物材料的分析如氨基酸、脂肪酸、维生素等。
2．在医学检验中的应用
体液和组织等生物材料的分析：如脂肪酸、甘油三酯、维生素、糖类等。
3. 在药物分析中的应用
抗癫痫药、中成药中挥发性成分、生物碱类药品的测定等。