质谱分析法主要是通过对样品离子质荷比（m/z）的分析而实现对样品进行定性和定量的一种方法，由进样系统、离子源、质量分析器、检测器、真空系统和数据系统组成。其中离子源、质量分析器以及检测器为质谱关键部件。
离子源：比较常用的离子源有与气相色谱（gc）串联的电子轰击电离源(ei)和化学电离源(ci)；与液相色谱（lc）串联质谱常用电喷雾离子化(esi)、大气压化学电离(apci)、大气压光电离(appi)；以及基质辅助激光解吸离子化技术(maldi);生物质谱常用的离子源为esi和maldi。
质量分析器：常用的主要包括四级杆质量分析器（q）、飞行时间质量分析器（tof）、离子阱质量分析器（it）、傅里叶变换离子回旋共振质量分析器（fticr），其中q常和esi联用，tof常和maldi联用。
检测器：常用的有电子倍增管、光电倍增管、微通道板检测器等。
esi的原理：（1）在高压电场的作用下，样品溶液由毛细管喷出，形成带电雾滴、（2）雾滴中溶剂蒸发，雾滴变小、库仑力增大、发生分裂、（3）过程（2）多次重复直至雾滴中离子转变为气相离子。
maldi的原理：用激光照射样品与基质形成的共结晶薄膜，基质从激光中吸收能量传递给生物分子，将质子转移到生物分子或从生物分子得到质子，而使生物分子电离。
级杆（q）原理:由4根平行的圆柱形电极组成，电极分为两组，分别加上一个直流电压和一个射频交流电压，当离子由电极间轴线方向进入电场后，会在极性相反的电极间产生振荡。只有质荷比在一定范围的离子，才可以围绕电极间轴线作有限振幅的稳定震荡运动，并到达接收器。
时间飞行（tof）原理: 样品在离子源中离子化后被电场加速，飞行距离一定时，离子的飞行时间取决于离子的质荷比，质荷较小的离子具有较高的速率，先到达检测器产生信号。
目前临床诊断领域常用的质谱技术包括液相质谱（lc-ms/ms）、气相质谱（gc-ms）、电感耦合等离子体质谱（icp-ms）和基质辅助激光解析-飞行时间质谱（maldi-tof）。
lc-ms应用领域：新生儿遗传代谢病筛查、药物浓度监测、维生素类检测
gc-ms应用领域：尿液中代谢产物检测、毒物筛查
icp-ms应用领域：微量元素
maldi-tof ms应用领域：微生物检测、核酸分析
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