风冷高速主轴电机在使用时，禁止使用压缩气体喷头清洁主轴，因为这样会使灰尘进入主轴的密封部位，从而损坏轴承，出于同样的目的，在清理轴承周围的时候，主轴应停止转动，但机床应上电，以保证轴承处始终有气封，主轴上卡刀柄的锥面部分必须定期使用软布清洁，这样才可以延长电主轴的寿命。
当长时间不使用风冷电主轴时，需要做好保护，避免发生损坏，需要在主轴上装一刀柄，以保护卡刀的锥孔，主轴在没有装上刀柄的情况下是不允许转动的，只有锥形的刀柄和具有良好动平衡特性的刀具才可以在高速转动下使用，不要使用被打孔的刀柄，在安装时因为风冷电主轴的轴承需要保持的清洁，所以主轴的连接操作应在干净的环境中进行，否则轴承的寿命将显著减少。