pcr是非常灵敏的一项检测，100个拷贝之内的靶序列就足以产生阳性扩增，从而容易出现dna污染导致的假阳性。首先，要辨别pcr污染的来源。设立阴阳性对照，有利于检测反应体系各成分的污染情况。尤其是设立空白对照，即包括pcr的全部组分，而不加模板dna，这对检测试剂中pcr产物残留污染是非常有益的。
在排除试剂污染的可能性外，更换试剂后，若不久又发现试剂被污染了，则考虑可能为环境污染。环境污染的最主要原因是dna溶液的溅出和dna气溶胶造成的实验区域的污染，这尤其在pcr产物扩增区容易出现。移液器枪头和ep管架是也较常见的污染部位。
如果是环境污染，还可对每个区域进行涂抹采样和核酸提取，以最终鉴定污染的区域所在。
对于pcr反应液的污染，可采取以下方法：
1、dnase i法：
pcr混合液（未加模板和taq聚合酶）加入0.5u dnase i，室温反应30min后加热灭活，然后加入模板和taq聚合酶进行正常pcr扩增。
2.、内切酶法：
选择识别4个碱基的内切酶（如mspi和taqi等），可同时选择几种，以克服用一种酶只能识别特定序列的缺陷，室温作用1h后加热灭活进行pcr。
3、紫外照射法：
未加模板和taq聚合酶的pcr混合液进行紫外照射，注意事项与方法同上述uv照射法。
4、尿嘧ding糖苷酶（ung）法：
用dutp代替dttp，使pcr产物中掺入大量du。在再次进行pcr扩增前，用ung处理pcr混合液即可消除pcr产物的残留污染。由于ung在pcr循环中的变性一步便可被灭活，因此不会影响含du的新的pcr产物。