对分公司进行行政处罚是可以的。如果分公司实施了违法治安管理秩序的行为，行政机关能依法对其作出处罚决定，并由分公司依法承担行政责任；如果分公司不能承担的，再由总公司承担。是否能对分公司进行行政处罚的法律依据
《民法典》第七十四条
法人可以依法设立分支机构。法律、行政法规规定分支机构应当登记的，依照其规定。
分支机构以自己的名义从事民事活动，产生的民事责任由法人承担；也可以先以该分支机构管理的财产承担，不足以承担的，由法人承担。
《中华人民共和国行政处罚法》第二条
行政处罚是指行政机关依法对违反行政管理秩序的公民、法人或者其他组织，以减损权益或者增加义务的方式予以惩戒的行为。
第三十六条
违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚；涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的，上述期限延长至五年。法律另有规定的除外。