尽快置于低温环境鲜菇一经采收，须整齐排放在小型矮装容器内，并尽快送往低温车间进行整理。容器体积为40厘米×28厘米×16厘米（长×宽×高），其形状像周转箱，底部实板，四周预设直径约2—3厘米左右圆孔，底下四角均有内缩插接角块，以便于多层码高。鲜菇采收时顺头排放，不使头尾相接，以免造成污染。低温车间内温度为1℃—3℃，可将普通恒温冷库改造后利用，连同其他包装容器均存放于车间内，以使其彻底降温。鲜菇成箱搬入车间后分开摆放，不得再多层码高，以便于菇体充分降温，该环节对于气温高于15℃时采收的鲜菇尤为重要。整理的工具有：薄片不锈钢刀或竹片刀，以及小包装封口、打箱等设备。
认真整理保鲜包装先用小刀将鲜菇基部削净，去掉泥土、基料等杂物，鳞片多时就一并除去，一般不用水洗，否则缩短产品货架寿命。待菇体内部降温至3℃以下时，即可分装。
一般可用泡沫质地的饭盒样式，制作为高约5厘米左右单盒，每盒约装鲜菇150克左右。若禁销塑料包装，可定制纸质盒。鸡腿菇一般适宜16厘米×10厘米×4厘米（长×宽×高，下同）规格包装；姬松茸适宜15厘米×10厘米×6厘米规格；真姬菇、杨树菇等适宜16厘米×8厘米×4厘米规格。根据鲜菇形态及规格大小确定排放方式，然后封包保鲜膜。将小包装盒再装入泡沫保鲜箱内，每箱可装36盒，透明胶带封口即可。
贮运过程重视降温短期贮存和运输可采用冰块或冷藏车降温保鲜，温度控制在1℃—3℃即可。