果树根朽病的防治方法是：
一、加强果园管理 改良土壤，并通过修剪，合理负载，防止大小年结果现象，保证树势健旺等，是防治根朽病的根本措施。
二、隔离病树与土壤消毒 病区和病株周围挖1米深的沟，以封锁病源，避免根与邻近果树健部接触，沟壁和沟底要消毒。病死株要及时挖除，连同病残根一块烧毁，土壤也要消毒，补栽时要换新土。常用的土壤消毒剂有70%的五氯硝基苯粉剂、50%的代森铵、200—250倍的硫酸铜、80%的五氯酚钠原粉。
三、处理病株 发现病树，立即扒开土壤，用石硫合剂原液加少量清水涂抹病部，或用50倍福尔马林重喷树根、树干。挖出的土要掺入石硫合剂渣后再回填，踏实后灌水。