农村房屋纠纷的解决方式有由政府决定、申请行政复议或向法院起诉。首先，如果争议发生在个人之间、个人与单位之间，当事人可以申请由乡级人民政府处理；如果争议发生在单位与单位之间，当事人可以向争议土地的县级国土资源行政主管部门调查处理。对政府处理不满意的可以申请行政复议或提起行政诉讼。农村房屋纠纷怎样解决的法律依据
《土地权属争议调查处理办法》第五条
个人之间、个人与单位之间、单位与单位之间发生的争议案件，由争议土地所在地的县级国土资源行政主管部门调查处理。 前款规定的个人之间、个人与单位之间发生的争议案件，可以根据当事人的申请，由乡级人民政府受理和处理。
第六条
设区的市、自治州国土资源行政主管部门调查处理下列争议案件：
(一)跨县级行政区域的；
(二)同级人民政府、上级国土资源行政主管部门交办或者有关部门转送的。