在单细胞分选过程中，流式细胞仪被广泛应用于实现对各类类型组成样品中具有特定荧光或其他标志性抗原的单个活体细胞进行诱导及捕获，并高效地回收目标基因组或转录组检测所需数量。
通过这种方式获取到大规模而又完整的布谷鸟图谱（bird's-eyeview），我们就能够更加全面准确地揭示每个调控区域对基因表达影响的精度与范围。
除此之外，在当前越来越多地采取“全基因组”水平上进行数据挖掘时，利用该项技术筛选出人群内感染率较高者以及不同亚型间差异显著性分析也变得更为便利和直观。同时在检验致癌基因及其调控机制、研究分化过程和细胞信号传递通路等方面，单细胞分选也发挥了重要的作用。
但是在应用中，仍然存在一些限制和难以克服的技术问题。例如，在大样品量与小样品量之间做抉择时会带来不同模式的噪声或误差；同时，在测序过程中出现高达10-25%丢失率将会使得数据质量下降；此外还有成本高昂等问题需要考虑。
总体而言，尽管单细胞分选技术面临着许多挑战和困难，但它已经被证明是一个强有力的工具来深入理解生物信息学领域复杂流程。未来我们可以通过对该项技术进行持续改进与优化，并结合其他科研手段实现更加全面地研究方法论并为各类相关应用任务提供支撑。