(一） 托运申请，订立多式联运合同
多式联运经营人根据货主提出的托运申请和自己的运输线路等情况，判断是否接受该托运申请。如果能够接受，则双方协定有关事项后，在交给发货人或其代理人的场站收据（空白）副本上签章（必须是海关能接受的），证明接受委托申请，多式联运合同已经订立并开始执行。
发货人或其代理人根据双方就货物交接方式、时间、地点付费方式等协议填写场站收据（货物情况可暂空），并把其送至联运经营人处编号，多式联运经营人编号后留下托运联，将其他联交还给发货人或其代理人。
(二） 空箱的发放、提取及运送
多式联运中使用的集装箱一般应由经营人提供。这些集装箱来源可能有三个，一是经营人自己购2使用的集装箱；二是向租箱公司租用的集装箱，这类箱一般在货物的起运地附近提箱而在交付货物地点附近还箱；三是由全程运输中的某一分运人提供，这类箱一般需要在多式联运经营人为完成合同运输与该分运人（一般是海上区段承运人）订立分运合同时获得使用权。
如果双方协议由发货人自行装箱，则多式联运经营人应签发提箱单或者把租箱公司或分运人签发的提箱单交给发货人或其代理人，由他们在规定的曰期到指定的堆场提箱并自行将空箱托运到货物装箱地点，准备装货。如发货人委托亦可由经营人办理从堆场到装箱地点的空箱托运（这种情况需加收空箱托运费）。
如是拼箱货（或是整箱货但发货人无装箱条件不能自装）时，则由多式联运经营人将所有空箱运至接受货物的集装箱货运站，做好装箱准备。
(三） 出口报关
若联运从港口开始，则在港口报关；若从内陆地区开始，应在附近的内陆地海关办理报关，出口报关事宜一般由发货人或其代理人办理，也可委托多式联运经营人代为办理（这种情况需加报关手续费，并由发货人负责海关派员所产生的全部费用)。报关时，应提供场站收据、装箱单、出口许可证等有关单据和文件。
(四） 货物装箱及接收货物
若是发货人自行装箱，发货人或其代理人提取空箱后在自己的工厂和仓库组织装箱，装箱工作一般要在报关后进行，并请海关派员到装箱地点监装和办理加封事宜。如需理货，还应请理货人员现场理货并与之共同制作装箱单。
如是拼箱货物，发货人应负责将货物运至指定的集装箱货运站，由货运站按多式联运经营人的批示裝箱。
无论装箱工作由谁负责，装箱人均需制作装箱单，并办理监装与加封事宜。
对于由货主自己装箱的装箱货物运至双方协议规定的地点，多式联运经营人或其代表（包括委托的场站业务员）在指定地点接收货物。如是拼箱货，经营人在指定的货运站接收货物。验收货物后，代表联运经营人接收货物的人应在堆场收据正本上签章并将其交给发货人或代理人。
(五） 订舱及安排货物运送
经营人在合同订立之后，即应制订该合同涉及的集装箱货物的运输计划。该计划应包括货物的运输线路、区段的划分、各区段实际承运人的选择确定及各区段衔接地点的到达、起运时间等内容。这里所说的订舱泛指多式联运经营人要按照运输计划安排洽定各区段的运输工具，与选定的各实际承运人订立各区段的分运合同。这些合同的订立由经营人本人（派出机构或代表）或委托的代理人（在各转接地）办理，也可请前一区段的实际承运人作为代表向后一区段的实际承运人订舱。
货物运输计划的安排必须科学并留有余地。工作中应相互联系，根据实际情况调整计划，避免彼此脱节。
(六） 办理保险
在发货人方面，应投保货物运输险。该保险由发货人自行办理，或由发货人承担费用由经营人作为代理。货物运输保险可以是全程，也可分段投保。
在多式联运经营人方面，应投保货物责任险和集装箱保险，由经营人或其代理人负责保险。
(七） 签发多式联运提单，组织完成货物的全程运输
多式联运经营人的代表收取货物后，经营人应向发货人签发多式联运提单。在把提单交给发货人前，应注意按双方协定的付费方式内容、数量向发货人收取全部应付费用。
多式联运经营人有完成和组织完成全程运输的责任和义务。在接收货物后，要组织各区段实际承运人、各派出机构及代表人共同协调工作，完成全程中各区段的运输、各区段之间的衔接工作，运输过程中所涉及的各种服务性工作和运输单据、文件及有关信息等组织和协调工作。
(八） 运输过程中的海关业务
按照国际多式联运的全程运输（包括进口国内陆段运输）均应视为国际货物运输。因此该环节工作主要包括货物及集装箱进口国的通关手续，进口国内陆段保税（海关监管）运输手续及结关等内容。如果陆上运输要通过其他国家海关和内陆运输线路时还应包括这些海关的通关及保税运输手续。
这些涉及海关的手续一般由多式联运经营人的派出机构或代理人办理，也可由各区段的实际承运人作为多式联运经营人的派出机构或代理人办理，也可由各区段的实际承运人作为多式联运经营的代表来办理。由此产生的全部费用，应由发货人或收货人负担^
如果货物在目的港交付，则结关应在港口所在地海关进行。如在内陆地交货，则应在口岸办理保税（海关监管）运输手续，海关加封后方可运往内陆目的地，然后在内陆海关办理结关手续。
(九） 货物交付
当货物运至目的地后，由目的地代理人通知收货人提货。收货人需凭多式联运提单提货，经营人或其代理人需按合同规定，收取收货人应付的全部费用，收回提单签发提货单（交货记录），提货人凭提单到指定堆场和地点提取货物。
如是整箱提货，则收货人要负责至拆箱地点的运输，并在货物取出后将集装箱运回指定的堆场，运输合同终止。
(十）货运事故处理
如果在全程运输中发生了货物灭失、损害和运输延误，无论是否能确定损害发生的区段，发（收）货人均可向多式联运经营人提出索赔。多式联运经营人根据提单条款及双方协议确定责任并做出赔偿。如果确知事故发生的区段和实际责任者时，可向其进一步进行索赔。如不能够确定事故发生的区段时，一般按在海运段发生处理。如果已对货物及责任投保，则存在要求保险公司赔偿
和向保险公司进一步追索问题。如果受损人和责任人之间不能取得一致，则需通过在诉讼时效内提起诉讼和仲裁来解决。