跨境电商物流企业是指从事国际物流活动的经济组织，至少从事运输 (含运输代理、货物快递) 或仓储一种经营业务，并能够按照客户物流需求对运输、储存、装卸、包装、流通加工、配送等基本功能进行组织和管理，具有与自身业务相适应的信息管理系统，实行独立核算、独立承担民事责任的经济组织。跨境电商物流企业有综合型物流企业、机能整合型物流企业、代理型物流企业之分。
综合型物流企业的业务范围往往覆盖全球，它能应对货主企业的全球化经营对物流的需求，如 dhl、中远集团、中外运集团等。这类物流企业具有功能整合度高、物流服务广、综合实力强大、能为客户提供全方位综合物流服务的特点。
机能整合型物流企业以货物对象、功能或市场为核心，导人系统化的物流，通过推进货物分拣，追踪提供输送服务，如中国邮政速递服务公司(ems)、中铁快运有限公司(cre)、中国航空快递有限责任公司 (cae) 及众多码头堆场、机场公司等。这类企业能自身承担从集货到配送等物流活动，可以调度实现机能整合。由于企业服务的是特定的货物、功能或市场，所以其服务的范围受到限制。
代理型物流企业机能整合度低，但服务范围广，通常自身不拥有运送手段，而是以综合运用铁路、航空、船舶、汽车等各种手段运输，靠经营网络的优势，开展货物混载代理业务。它们具有把不同的物流服务项目组合，以满足客户需求的能力。