1、鲜活货物。比如活鱼、虾等，因为海运运输相对其他运输方式，在时间上更长一些，鲜活类货物如果使用集装箱海运的话，在运输的过程中货物就会变质。2、货物重量超过集装箱的最大承重重量的，这种货物不能通过集装箱海运。3、特大尺寸的货物不能使用集装箱海运，一些大的配件超高、超宽，这些货物只能通过散货船放在船舱或者甲板上来运输。4、集装箱不办理军事运输。部队或军工企业办理集装箱海运运输的，按商运办理。军事运输使用自备集装箱的，不再按集装箱运输条件办理。在集装箱货物运输中，为了船、货、箱的安全，必须根据货物的性质、种类、容积、重量和形状来选择适当的集装箱;否则，不仅对某些货物不能承运，而且也会因选用不当而导致货损。集装箱货物对集装箱的选用可作以下考虑：
清洁货物和污秽货物：可选用杂货集装箱、通风集装箱、开顶集装箱、冷藏集装箱;
贵重货物和易碎货物：可选用杂货集装箱;
冷藏货物和易腐货物：可选用冷藏集装箱、通风集装箱、隔热集装箱;
散货：可选用散货集装箱、罐状集装箱;
动物和植物：选择牲畜(动物)集装箱，通风集装箱;
笨重货物：选择开顶集装箱、框架集装箱、平台集装箱;
危险货物：可选择杂货集装箱、框架集装箱、冷藏集装箱。