风险1：没有有效的服务绩效测评。当物流外包进行运作时，企业必须建立有效的服务绩效指标，并对物流外包的绩效加以测评。物流外包的绩效测评包括物流费用测评和服务质量测评。物流费用测评是评价每笔订单物流运作费用、物流外包费用等。服务质量测评需要评价第三方物流供货商提供物流服务的客户满意度、送货及时率、准确率、货损货差率等。绩效评价指针应该系统地评价第三方物流供货商的整个物流运作过程，准确地反映第三方物流供货商与合作企业的关系，有效地实现第三方物流供货商与企业用户的整合。然而，物流外包企业往往存在没有有效的服务绩效测评体系的风险，无法对物流外包的日常运作做出有效评估。
风险2：不能有效地进行计划组织。当物流外包进行运作时，企业运营活动的计划组织由企业与物流服务承包商之间共同完成，计划组织所需的人财物资源也由双方共同提供。在这种情况下，企业一定要在“控制”与“信任”之间寻找平衡点。如果过于“信任”物流服务商，给予服务提供商很大的行动空间，缺乏有效的监控，必将造成对物流服务商的失控，从而不能有效地对其资源进行计划控制和组织；如果过于“控制”物流服务商，会引起他们的不良情绪反映，失去彼此的信任，甚至中断合作关系。
风险3：不能有效地沟通协商。物流外包的运作过程，不只是物流本身的运作问题，更重要的是在运作过程中外包方和承包商之间往往需要有效的协商与沟通。但在物流外包合作中，合作双方一方面渴望交流，同时合作双方又存在一定的文化与观念上的差异，管理风格和行政制度各不相同，各自的价值取向也不相同，这就需要合作双方进行有效的沟通和协调。如果处理不当，甚至在沟通协调中不能正确对待企业间的文化冲突，就可能导致双方员工互相猜疑，引发双方员工非理性报复，从而致使合作失败。国外许多管理学家的研究表明，许多企业之间的合作失败几乎都是因为忽视了企业之间的文化和观念上的差异。