现在跨境电商货物的进口，不单一只是报关的数据与国家海关部门相接，除此之外，还有物流库存数据以及相关的支付平台都已经和海关部门对接。世界无论哪个国家或是地区的消费者在跨境电商交易平台上下单付款后，跨境电商的相应的交易平台及产品销售，制造的企业都要求通过跨境电商通关服务平台真实，准确，及时的向海关部门报告相应的交易、支付、物流等“三单”信息。跨境电商的进口报关目前是采用“清单申报”模式，出口报关采用“清单核放、汇总申报”；在相关的交易，支付，物流等“三单”信息比对通过后，跨境电商的企业或其零售商需要向海关部门提交中华人民共和国的海关跨境电商零售进口的商品申报清单。
跨境电商进口“单一窗口”加强了跨境贸易电子商务进出口通关的统一化和规范化。企业在相关系统中，可输入、保存、修改、申报相关数据，可以根据相关部门的要求，在系统中进行产品数据的录入，并向海关监管部门进行申报。此外，交易订单信息、运单信息、支付信息、清单等数据均为电子数据，促进了货物进出口的高效率，创新型的发展。
跨境电商的企业进行进口申报的相关企业可以依据其采购订单生成退货申请单。对退货单进行暂存、申报、删除等操作。电商企业查询已生成退货申请单信息。通常来讲，具体的流程:首先，由海外的客户发起退货的申请，其次，由跨境电商的企业需要向海关提供一份退运说明书，这是需要由海外的客户提供证明的，还有方式出口时牵扯到相关的报关报检等相关资料以及退税问题的处理。再者，由海关部门进行退货电子清单申请的审核，等待审核通过后，需要把退货商品运到原海关监管场所并且发送运抵单，还有，包裹分拣，海关放行，货物离境，退货清单关闭。