辞职后工资和年奖金扣发是不合法的。用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。用人单位克扣劳动者的工资，由劳动行政部门责令限期支付；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。辞职后工资和年奖金扣发是否违法的法律依据
《中华人民共和国劳动法》第五十条工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。《工资支付暂行规定》第九条劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。