工程合同支付款违约金的计算是如下：
1.合同对违约金有具体约定的按约定，对违约金无约定或约定不明确的，按没有约定处理。
2.违约金的计算依据是合同总价。
3.约定违约金数额一般以不超过合同未履行部分的价金总额为限。
《民法典》第五百八十五条：当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加;约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
二、工程合同纠纷的诉讼时效是多久
工程合同纠纷的诉讼时效是三年，我国法律规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护;有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。
三、建设工程合同属于诺成合同吗
建设工程合同是诺成合同。即在合同当事人之间意思表示一致后，合同即告成立。
根据《民法典》的规定，诺成合同是基本原则，实践合同需要由法律明确作出规定。
《民法典》第四百八十三条规定，承诺生效时合同成立，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。