（1）提货单作业流程：货主或其代理持船公司的运单或提货单，到集装箱码头业务部门办理提取进口重箱手续，码头业务部门审核后，打印提重箱预约单给货主，货主凭单到堆场提箱。财务部门根据电脑系统的预约内容进行相应收费。运单或提货单由业务部门留存。
（2）放箱单作业流程：货主或其代理持放箱单到码头箱管部门办理提取空箱手续，码头箱管部门打印提空箱预约单给货主，货主凭单到堆场提空箱，财务部门根据电脑系统的预约内容进行相应收费。放箱单由码头箱管部门留存。
（3）设备交接单作业流程：所有进出道口的集卡司机，提放箱都要提交船公司的设备交接单，设备交接单由道口留存。设备交接单是货主跟码头交付集装箱的记录凭证，内容主要为箱体的完损情况，重箱还包括货物装箱情况、进出口船名和航次。
（4）卸箱单证作业流程：卸箱单证是码头的卸货凭单，在整箱进出码头操作中，主要用于提取出口重箱和送不在本港进口集装箱进码头。当发生上述作业时，货主或其代理需到码头业务部门办理卸箱单证，然后持卸箱单证办理集装箱进出道口作业，财务部门凭卸箱单证收取费用。
内贸集装箱码头有时会使用重箱进场单。重箱进场单用于重箱进场，与集装箱装箱单的内容差不多。有时由于某些船公司没有集装箱单，或者集装箱设备交接单上没有反映装箱货物内容和装船信息，码头会要求货主填写重箱进场单。不过，随着单证的不断改进，操作流程的不断简化，重箱进场单将会被取消。