按照时间先后可以将通关程序分为三个阶段：
（1）前期阶段。根据海关对保税货物、特定减免税货物、暂准进出境货物等的监管要求，进出口货物收发货人或其代理人在货物进出境以前，向海关办理上述货物备案手续的过程。
（2）进出境阶段。根据海关对进出境货物的监管制度，进出口货物收发货人或其代理人在货物进出境时向海关办理进出口申报、配合查验、缴纳税费、提取或装运货物手续的过程。
（3）后续阶段。根据海关对保税货物、特定减免税货物、暂准进出境货物等的监管要求，进出口货物收发货人或其代理人在货物进出境储存、加工、装配、使用后，在规定的期限内，按照规定的要求，向海关办理上述进出口货物核销、销案、申请解除监管手续的过程。