1、评定机构不同
北大核心全称为北京大学图书馆“中文核心期刊”，是北京大学图书馆联合众多学术界权威专家鉴定，国内几所大学的图书馆根据期刊的引文率、转载率、文摘率等指标确定的。而南大核心全称中文社会科学引文索引，是由南京大学中国社会科学研究评价中心，组织评定的，用来检索论文收录和文献
被引用情况，是我国人文社会科学评价领域的标志性工程。
2、影响力不同
南大核影响力大于北大核心。南大核心来源期刊,受到了学术界的广泛认同，从影响力来讲，其等级属同类划分中国内最权威的一种,入选难度高于北大核心。教育部已将南大核心数据作为全国高校机构与基地评估、成果评奖、项目立项、人才培养等方面的重要考核指标。
3、评定时间不同
北大核心的评定频率低于南大核心。北大核心2008年之后为两年一评，南大核心为每两年一评
最后补充一点，北大核心和南大核心的联系与区别：北大核心目录里面有部分南大核心(cssci)期刊;南大核心目录里面也有部分北大核心期刊，有一些刊物就是双核心刊物。
以上就是对北大核心期刊和南大核心有什么区别的简单介绍，相信您已经有一定的了解了。更多问题可咨询我们期刊俱乐部的在线编辑。