公司遇到纠纷应该先找其员工进行协商。若是协商不成的可以向调解机构申请调解。劳动报酬纠纷的可以向当地劳动行政部门举报，由劳动行政部门责令限期改正，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁等。公司和遇到纠纷应该找谁的法律依据
《劳动争议调解仲裁法》第四条发生劳动争议，劳动者可以与用人单位协商，也可以请工会或者第三方共同与用人单位协商，达成和解协议。第五条发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。