通常sb色谱柱在选择保护柱之前首先要考虑的是样品是否清洁，对于大部分分析工作者来说，一支1cm长的保护柱便能提供对柱子的保护，工作中发现要经常更换1cm的保护柱，那么应选择2cm或3cm长的保护柱。保护柱越长，自然所装填的色谱填料越多，则其越能避免污染物进入分析色谱柱的机会。当然，随着保护柱的长度加长，样品的保留时间会比使用短保护柱长。一般来说，保护柱的内径与分析色谱柱的内径相同或相当即可。保留时间的变化指两种类型的情况，一种是同一根柱样品间的保留变化，第二种类型主要是填料的差异造成的，许多实验都会碰到，现讨论如下：
不同牌号的sb色谱柱分离的色谱峰保留时间可在小范围内移动，但峰的顺序和分辨率不变，可改变流速或溶剂强度(反相色谱加水调节)进行校正。如果谱图中色谱顺序发生了变化，或者两峰重叠在一起，问题就比较严重。保留时间发生大的变化，主要由柱填料硅酸相互作用所致，另外有次级保留因素的影响。硅胶为基质的填料表面含有硅醇，有的封尾填料可部分去掉硅醇、不封尾填料的硅胶表面硅醇基更多。酸性或碱性分子可与硅醇发生不同程度的相互作用。硅酸与样品分子作用的强弱，因不同批号的硅胶和不键合相填料而异。即使同批号的硅胶而不同批号的键合相也有差异。硅醇对阳离子或碱性样品影响大。参照下列要求做可以减少色谱柱之间保留时间的变化：
1.仅用同一厂商的柱。实际上不具可操作性，但起码作某一专门分析方法时要用同一厂商的柱。
2.设计分离条件，使保留值变化小(建立标准的方法)。
3.选用液相色谱系统或色谱柱对次级保留因素(外界)灵敏度低。
4.换新柱时调整分析条件保持旧柱的保留值(改变条件)。这一步工作是*的，在*的常规分析中，不会从头至尾用一根柱，中间总要换新柱，每换一次，都应仔细地调整各组分的保留。