种蛋最好采用规格化的种蛋箱包装，蛋箱要结实，能承受一定的压力，用纸格一个一个的隔开或用特制的纸蛋托，避免相互接触，以免碰撞。一箱可容纳300枚或360～420枚，装满后用胶带纸或打包带把箱口封好，便可装车运输。
运输种蛋时要做到防震、防雨淋、防冻、防晒。汽车要匀速行驶，不能急刹车，路况不好时，速度不能高，以防破损或震断系带。装车高度不能超过六层，且注意轻装轻卸，减少破损。冬季要防止冻害，尽量用箱式货车或空调车运，敞篷车要用厚棉被盖好，夜晚尽量不要运输，因夜间气温比白天低。另外，车况要好，不能在途中抛锚。夏季要防暴雨淋，盖好防雨布，最好在夜晚运输。
种蛋到达目的地后，应尽快开箱检查，剔除破损蛋，及时码盘、消毒、入孵。