公司设立登记瑕疵原因是：1、公司设立主观瑕疵，是指发起人或股东个人的设立行为中存在的瑕疵，主要是指公司的发起人或股东本身的原因或其意思表示有缺陷。2、公司设立客观瑕疵，是指设立行为本身的瑕疵，主要表现为设立行为违反法定的条件和程序，或者违反其他强制性法律规定。公司设立登记瑕疵原因是什么的法律依据
《公司法》第六条设立公司，应当依法向公司登记机关申请设立登记。符合本法规定的设立条件的，由公司登记机关分别登记为有限责任公司或者股份有限公司；不符合本法规定的设立条件的，不得登记为有限责任公司或者股份有限公司。法律、行政法规规定设立公司必须报经批准的，应当在公司登记前依法办理批准手续。公众可以向公司登记机关申请查询公司登记事项，公司登记机关应当提供查询服务。